– Det här är den första våldsamma invasionen på 30 år sedan gränserna drogs för reservatet i Amapà, säger senator Rodolfo Rodrigues till lokaltidningen Diário do Amapá enligt BBC.
Polis har anlänt till området för att utreda händelsen.
President Bolsonaro har ännu inte kommenterat invasionen men har tidigare sagt att urfolks-territorierna är för stora givet antalet människor som bor där och kritiker har anklagat honom för att uppmuntra illegal brytning och invasioner av reservat.
I ett tal under lördagen sa Bolsonaro att några av reservaten ligger på ”väldigt rik mark” som han gärna ser att den rikare delen av världen utvecklar i samarbete med Brasilien.
– Det är skälet till mitt beslut att knyta närmare band med USA. Det är varför jag vill ha en person att lita på i den amerikanska ambassaden, sa Bolsonaro som vill utnämna sin egen kongressledamots son, Eduaro, till ambassadör.
Bolsonaro har även lovat att integrera urfolken i majoritetsbefolkningen och ifrågasatt deras existens på skyddade landområden, vilket skulle strida mot landets konstitution.
Gigantiskt problem
Illegal guldbrytning är ett problem av gigantiska proportioner i Amazonas som ödelägger miljontals hektar av skog och förgiftar floden med kvicksilver. Med sina 600 000 hektar av mineralrik mark är Amapà-reservatet ett särskilt hett byte för guldbrytarna.
President Bolsonaro har tidigare kritiserat miljöskyddsbyrån, Ibama, och anklagat det nationella rymdinstitutet, Inpe, för att ha ljuga om omfattningen av avskogning i Amazonas.
Aktivister säger att nedmonteringen av skydd kan leda till större avskogning av Amazonas regnskog och hota ursprungsbefolkningens existens.